LA VIDEO, C'EST LE PREMIER GENERIQUE D'OUVERTURE.
Dans le pays d'Amestris, pays où l'Alchimie est élevée au rang de science universelle, deux frères, Edward et Alphonse Elric parcourent le monde à la recherche de la légendaire pierre philosophale dans le but de retrouver leurs corps perdus. Leur père, Van Hohenheim, les a quittés il y a de cela des années, et leur mère Trisha Elric mourut quelques années plus tard d'une maladie, laissant ses deux jeunes enfants derrière elle. Un an plus tard, les deux frères tentent de la faire revenir grâce à l'alchimie, bravant la loi qui interdit formellement la transmutation humaine. Ils le payeront le prix fort. Edward, l'ainé, perdra sa jambe gauche, son petit frère perd son corps tout entier. Ed sacrifiera son bras droit en scellant l'âme de son petit frère Alphonse dans une armure. Edward décide de s'engager dans l'armée à l'âge de 12 ans en tant qu'Alchimiste d'État, réussit l'examen haut la main et obtient son nom d'alchimiste, le Fullmetal. Avec les avantages d'alchimiste d'état et leurs recherches, les deux frères chercheront au péril de leur vie la pierre mythique qui leur rendra ce qu'ils ont perdu, mais le secret de la Pierre Philosophale est bien gardé.
* Les scénarios du manga et de l'anime ne sont pas exactement les mêmes dès le départ mais ils commencent à réellement différer vers le tome 6 soit environ vers l'épisode 25. Le véritable tournant s'opère avec le tome 8 où de nouveaux personnages venant du pays de Xing apparaissent et où la différence entre le manga et l'anime est claire et nette.
* La différence fondamentale entre le manga et l'anime se situe au niveau des homonculus. En effet, dans l'anime, chaque homonculus provient d'une transmutation humaine ratée et ressemble trait pour trait à la personne disparue. Il peut même partager certains souvenirs avec cette personne et est très affaibli lorsqu'il est près de parties du corps de la personne en question. Les homonculus sont guidés pour la plupart par le désir de devenir humains : ce sont des êtres perdus, imparfaits et c'est cette faiblesse qu'exploite Dante pour les guider dans la recherche de la pierre philosophale.
* Dans le manga, on apprend que les homonculus ont tous été créés par Father (qui n'existe pas dans l'anime), qui est capable de les transférer d'un corps à un autre. Ils se sentent par contre supérieurs aux humains qu'ils considèrent comme minuscules, mis à part King Bradley (ce n'est pas un hasard, c'est, en plus d'être l'homonculus le plus en contact avec les humains en tant que président, le seul qui peut vieillir), qui semble compatissant à leur égard, voire admiratif de leurs progrès; ils incarnent un des 7 péchés capitaux.
* Le manga a été soumis à une sorte de censure aux États-Unis. En effet, dans le tome 8, lorsque Greed se retrouve prisonnier dans le repaire de Père avant de retourner d'où il vient, ce dernier se retrouve dans une position rappelant la crucifixion ; dans la version américaine, la pierre sur laquelle Greed est attachée a été agrandie pour former une pierre ronde.